在量子之海中，存在著一個由魔法主導的世界泡，在這裡有著各類的魔法生物，超高的適應性與無可厚非的強大力量，使得它們中的任何一隻都遠非常人所能匹敵，就連人類最引以為傲的武器在它們面前也變得與廢鐵無異。
為了抵抗魔法生物的入侵，以及奪回人類的領土，那個世界的人類成功利用魔法生物的特性創造了魔法少女，並建立起魔法安全域性與魔法學院，用以監督和培養新一代的魔法少女們。
在魔法少女們前仆後繼地戰鬥下，人類漸漸奪回了大部分領土，魔法生物的數量也銳減至人類可控制的範圍內。
儘管如此，他們並不打算收手，想要對這些本就屬於世界泡一份子的魔法生物們趕盡殺絕。世界意識對人類降下懲罰，一個深受迫害的魔法少女化作魔王，帶領魔法生物反攻人類社會，並建造魔王堡，割據一方。
歷經數年，一代又一代魔法少女們的犧牲，最終成功擊殺魔王。然而沒等人們為勝利歡呼，新一任的魔王再次出現。
之後的時間裡，在魔王與人類的不斷爭奪下，世界泡之中維持了一種巧妙的平衡。而這一切，都將由那個世界泡內的希兒·芙樂艾終結……
魔王的宮殿內，
在漫長的昏迷中，魔法少女—希兒·芙樂艾終於在魔王的王座上甦醒。而她的身邊只有她一人，
一年前，在唸出那句禁忌的魔法後，她與夥伴布洛洛終於消滅了上一任魔王。也就在那時，她終於明白了魔王對她們所在世界泡的意義。
世界泡需要魔王作為海中的錨點，也正因此，在上一任魔王死後，她被世界意識選中，成為新一任魔王，掌握這個世界的命運，併成為歷史以來最為強大的魔法少女。
魔王的力量是強大的，強大到一人足以與世界為敵。
然而她並不高興，禁忌魔法施展的代價是靈魂的消失，但這個代價被與她雙生的另一位性格善良的希兒所頂替，並對她施展催眠魔法，一覺便是一年。
芙樂艾很想哭，但淚早已流乾；她想復仇，但復仇的物件已經徹底消失；她想隨之而去，但她還活著是對方的選擇，她又談何顏面去見另一個她。
她也嘗試過迴歸日常生活，但魔王註定是孤獨的，孤獨到不可能會被他人理解，只會受到猜疑與誤解。回到人類社會後，除了她的朋友們，周圍人盡是怪異的目光，令她不得不回到魔王堡中居住。
某一日，她從夢中驚醒。在夢裡，她終於見到了心心念唸的白希兒，雖然很短暫，但讓她找到了一絲的希望。
“世上絕對有能復活已故之人的魔法，就算沒有我也會創造出，無論付出什麼代價！希兒，等我。”，成為魔王的魔法少女在心中立下一生不可磨滅的誓言。
那之後，她將魔王城徹底封鎖，任何外人都不可進入，哪怕是她那擔心自已的後輩們。沒有任何人知道魔王城內到底發生了什麼，世人只記得從此之後魔王城再無動靜，彷彿消失了一般。出於安全，魔法安全域性還是將其立為禁區，明令禁止任何魔法少女再去靠近禁區附近。
越是去挖掘和研究，魔王希兒越是絕望。復活一個人何等艱難，這其中的奧妙並非你所願就可達成，任何一種復活魔法都更像是複雜精緻的治癒魔法。哪怕站在魔法頂點的她，究盡所有的魔法原理，最終創造的也只是能創造出一個本不存在的靈魂，但絕對不是她的那個希兒。
哪怕註定毫無結果，她仍不會放棄，因為這是她唯一的願望。
“既然魔法不成，我就去研究法則，研究這個世界，以及世界之上的規則。”
終於，希兒決定離開這個世界，前往海中更深的深淵，探求這世間的真理。