莫德希，政府高層，是醫學天才，也是高階機械師。
原本按部就班的生活被一個秘密事件打亂，首腦特派他潛入組織，任務是竊取組織實驗資料，削弱以及逐漸摧毀組織。
為了任務的順利進行，他迎來了一個夥伴，準確來說，是一個小女孩，政府從貧民窟收養的孤兒。
女孩有一頭黑色的長髮，但因為長期營養不良泛著些許黃色。
她有一雙黑色的眼睛，莫德希初見她時就被它吸引。
他們開始一起生活，培養默契，莫德希逐漸把女孩當做了自己的妹妹，他精心養護著女孩，女孩的髮絲變得柔順黑亮，瘦弱的身體逐漸豐盈，初來時迷茫顫抖的臉龐逐漸展露笑顏。
但他們接觸的伊始就是為了任務，當莫德希收到組織任務的詳細內容時，只是沉默了幾瞬，就配合組織將剛入溫室的脆弱野花再度送入風雨之中。
男人修長的手指拿上了冰冷的器具，搖身一變，成了組織內部的新任醫生。
而女孩則半懂半迷濛地被送上實驗臺，度過漫長的實驗配比過程。
當女孩以為就此就要墮落黑暗，再無明日時，她當做親近大哥哥的男人再度出現。
耀眼的金髮闖進無生氣的眼瞳，女孩眼中忽然有了光亮，心中對任務完成的期盼開始變得濃郁。
之後，成為新銳醫師並受組織科研部欣賞的金髮男人時常進入實驗室觀摩。
碧綠的眼眸看著冰冷的器具開啟女孩的頭顱，觸碰女孩的血肉。
他開始對實驗的資料瞭如指掌，對組織的目的也逐漸清晰。
看著女孩日復一日蒼白的面容，和每每望向他時眼中的希冀。
他想，再等一會兒，他會讓她獲得自由。
他為女孩暗中策劃的逃離十分順利，女孩終於逃離冰冷之地，而他，會堅守到最後，然後，一切結束時，期許可以和女孩回到從前。
他預想的一切好的事都發生了，他與被組織暗算的好友彌修開始了佈局，卻沒想到會在黎明前見到女孩，女孩好像不記得他了。
在沒有徹底拔除組織根基之前，不記得，也很好。
好友好似陷入某種與他類似但確實不同的感情，他知道，女孩就是有這個魔力。
讓人喜歡的魔力。
而在他準備再次默默在女孩身邊時，她恢復了記憶，面容有些冷漠，但在他看來，只是一張嬌冷的臉，和一張吐出埋怨的口。
但，沒事，他會彌補。
可他沒想到，沒有時間彌補了，時間恰巧流逝在他們啟動摧毀程序的掌中。
一項偉大任務的完成好像總要犧牲許多無辜但又有關的人。
而潛伏的他與她之間，從開頭就預見，註定要死去的她。
看見實驗室冰冷流淌的鮮紅時，他的腦袋空白無法思考，所有的設想彷彿一片隨時可能飄走的脆弱紙屑，蒼白無力。
她想要的自由，他還是食言了，他親手扼殺了她的自由。
拳風掃向那些該死的機器的時候，他想，這個世界為什麼是這樣的？
………………
彌修，“黑暗機械師”組織核心成員，組織boss得意門生，天才的駭客、技術研發者以及機械師。
只有他沒忘記，組織剛開始只是單純的機械師組織，一個為了便利人類和取得更高技術成就而努力的團體。